Pour comprendre dans quelles cellules, à quel stade du développement ou dans quelles conditions les gènes sont exprimés, Denis Dupuy concentre ses recherches sur la régulation post-transcriptionnelle de l'expression des gènes.

De la régulation de l'expression des gènes

Nos cellules possèdent le même génome mais ne l'expriment pas de la même façon. La différenciation cellulaire au cours de l'ontogenèse et l'adaptation du métabolisme d'une cellule à son environnement, supposent une régulation de l'expression des gènes.

La régulation transcriptionnelle définit d'abord si, et dans quelle mesure, un gène doit être lu et transcrit en ARN. Intervient ensuite la régulation post-transcriptionnelle. Celle-ci désigne l'ensemble des mécanismes qui affectent les molécules ARN et impactent ainsi la synthèse des protéines.

Denis Dupuy s'est donné pour mission de cartographier les mécanismes de cette régulation post-transcriptionnelle de l'expression des gènes.

Le ver Caenorhabditis elegans, un modèle de choix

En 2008, grâce à la dotation du programme ATIP-Avenir, soutenu par la Fondation Bettencourt Schueller, Denis Dupuy a constitué l'équipe de recherche « Régulation et évolution du génome » au sein de l'Institut Européen de Chimie et Biologie.

Pour ces chercheurs souhaitant élucider les bases génétiques et moléculaires du développement, Caenorhabditis elegans, petit ver transparent, est un modèle de choix. Ses 959 cellules peuvent être visualisées par microscopie et son génome a été entièrement séquencé.

Grâce à des modifications génétiques, les chercheurs induisent l'expression d'une protéine fluorescente par certaines cellules, ce qui leur permet de savoir où et quand un certain gène s'exprime.

microARN et épissage alternatif

Denis Dupuy étudie plus particulièrement deux mécanismes de régulation post-transcriptionnelle :

• les microARN, petits ARN non codants, sont capables d'éteindre l’expression d'un gène en s'appariant à un ARN messager cible ;

• l'épissage alternatif permet, à partir d'une même séquence génomique, de produire différents ARN messagers codants pour des protéines distinctes.

L'objectif est de créer le premier ensemble de données quantitatives à l'échelle du génome, sur la régulation post-transcriptionnelle durant le développement de Caenorhabditis elegans.

Ces recherches sont cruciales pour élucider la régulation post-transcriptionnelle humaine, car 74 % de nos gènes ont une séquence proche de celles du nématode.

Denis Dupuy en quelques mots

Après un master en biologie moléculaire et cellulaire, Denis Dupuy entreprend un doctorat en génétique humaine et travaille à l’identification d’un gène de prédisposition à la schizophrénie. Entre 2002 et 2007, post-doctorant au Dana-Farber Cancer Institute de Boston, il étudie la biologie des systèmes et rencontre un modèle de choix pour ses recherches : le nématode Caenorhabditis elegans. En 2008, soutenu par la Fondation Bettencourt Schueller, il constitue son équipe de recherche au sein de l'Institut Européen de Chimie et Biologie. Porté par l'ambition de parvenir à une compréhension systémique de la régulation de l'expression des gènes, il entreprend de cartographier l'ensemble des mécanismes de régulation post-transcriptionnelle chez Caenorhabditis elegans. Ses recherches sont cruciales pour comprendre où et quand nos gènes sont exprimés, et comment cette expression est régulée, pour permettre la différenciation cellulaire et l'adaptation des cellules à leur environnement.

  • 1998-2001 Doctorat en sciences, Université Victor Segalen Bordeaux 2

  • 2002-2007 Post-doctorat dans le laboratoire du Dr Marc Vidal, Dana-Farber Cancer Institute/Harvard Medical School, Boston (États-Unis)

  • 2007 Lauréat du programme Avenir de l’Inserm en partenariat avec la Fondation Bettencourt Schueller

Dotation du programme ATIP-Avenir

Depuis 2005, la Fondation Bettencourt Schueller est partenaire du programme Avenir de l’Inserm. En 2009, le programme Avenir a fusionné avec le programme ATIP de l’INSB du CNRS. La Fondation soutient depuis le programme ATIP-Avenir qui favorise le retour ou l’installation en France de jeunes chercheurs de très haut niveau, porteurs d’un projet de recherche de qualité exceptionnelle, et désireux de créer leur propre équipe.

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